建设项目投入生产后，企业应以排污许可证上所记载信息实施排污，若在运营阶段产生不符合上述文件的情形，建设项目主体应进行环境影响后评价，采取改进措施，并报原环境影响评价文件审批部门和建设项目审批部门备案。已申领排污许可证的企业在排污数量浓度，排污口位置改变、经营信息更改等情况下，排污单位应对排污许可证申请变更。根据《排污许可管理办法》中规定，企业应提供排污许可证执行报告。根据排污许可证上所记载频次要求，企业应编制月、季度、年度执行报告，并每年在排污许可证管理信息平台上将年度执行报告进行公开。
建设项目运营期企业应当定期对生产活动进行隐患排查以及职业病危害因素监测。 生产经营单位应每季、每年对本单位事故隐患排查治理情况进行统计分析，并分别于下一季度15日前和下一年1月31日前向安全监管监察部门和有关部门报送书面统计分析表。
根据《用人单位职业病危害因素定期监测管理规范》相关规定，企业应每年组织职业病危害因素监测，对用人单位存在职业病危害因素工作场所进行全面的监测。 取得监测报告后一个月内，企业应将监测结果向所在地安全生产监督管理部门报告。
在运营阶段，建设单位应将设施纳入日常管理或体系中，好比建立现场运行准则及维护规范。生产经营单位同时需确环保设施的正常运作，对污染物实施监测并建立设施台账供查阅。
未及时申请变更排污许可证的；或者违反本办法第五十一条规定，未及时补办排污许可证的，由核发环保部门责令改正。
责令改正，处二万元以上二十万元以下的罚款；拒不改正的，依法责令停产整治：
（一）未按照规定对所排放的工业废气和有毒有害大气污染物、水污染物进行监测，或者未保存原始监测记录的；
（二）未按照规定安装大气污染物、水污染物自动监测设备，或者未按照规定与环境保护主管部门的监控设备联网，或者未保证监测设备正常运行的。
生产经营单位违反本规定,有下列行为之一的,由安全监管监察部门给予警告，并处三万元以下的罚款：
（一）未建立安全生产事故隐患排查治理等各项制度的；
（二）未按规定上报事故隐患排查治理统计分析表的；
（三）未制定事故隐患治理方案的；
（四）重大事故隐患不报或者未及时报告的；
（五）未对事故隐患进行排查治理擅自生产经营的；
（六）整改不合格或者未经安全监管监察部门审查同意擅自恢复生产经营的。
用人单位有下列情形之一的，给予警告，责令限期改正；逾期未改正的，处5万元以上20万元以下的罚款；情节严重的，责令停止产生职业病危害的作业，或者提请有关人民政府按照国务院规定的权限责令关闭：
（四）未按照规定对工作场所职业病危害因素进行检测、现状评价的；
《排污许可管理办法(试行)》 第54条